Los Consejos Regionales son los órganos colegiados de la ANUIES responsables de la coordinación del trabajo regional y están integrados por los titulares de las instituciones asociadas ubicadas en cada región. La ANUIES, por cuestiones operativas, ha dividido geográficamente al país en seis Consejos Regionales, que equivalen a igual número de regiones.

En cada región habrá una institución sede del Consejo Regional, elegida por el conjunto de las instituciones que lo conforman mediante voto ponderado. Dicha institución representará a las instituciones de la región correspondiente en el Consejo Nacional.

La institución elegida como sede tendrá esa calidad durante cuatro años y no podrá ser reelecta para el periodo inmediato. Si por alguna circunstancia la institución sede no puede cumplir con sus funciones, declinará esa condición y se procederá a la elección de otra para cubrir un nuevo periodo de cuatro años.

Cada Consejo Regional tendrá un Presidente y un Secretario Técnico, además establecerá los mecanismos internos pertinentes para el desarrollo de su agenda de trabajo, considerando los temas a tratar, las actividades a realizar y las condiciones geográficas prevalecientes en la región.

Para impulsar el desarrollo de la educación superior en todo el país, la ANUIES se organiza en seis regiones, constituidas cada una de ellas por las instituciones asociadas establecidas en las entidades federativas que se indican a continuación:

1. Región Noroeste: Baja California, Baja California Sur, Chihuahua, Sinaloa y Sonora;
2. Región Noreste: Coahuila, Durango, Nuevo León, San Luis Potosí, Tamaulipas y Zacatecas;
3. Región Centro-Occidente: Aguascalientes, Colima, Guanajuato, Jalisco, Michoacán y Nayarit;
4. Región Centro-Sur: Guerrero, Hidalgo, Estado de México, Morelos, Puebla, Querétaro y Tlaxcala;
5. Región Sur-Sureste: Campeche, Chiapas, Oaxaca, Quintana Roo, Tabasco, Veracruz y Yucatán; y
6. Región Metropolitana: Distrito Federal y áreas conurbadas del Estado de México.

Los Consejos Regionales tienen las facultades y obligaciones siguientes:

1. Promover la diversificación y fortalecimiento de la educación superior, ciencia, tecnología e innovación en la región mediante el establecimiento de mecanismos interinstitucionales de coordinación, colaboración y complementación de las distintas instituciones de educación superior de la región;
2. Conocer y atender los problemas relacionados con la estructura y funcionamiento de las instituciones integrantes de la región, así como la necesaria coordinación de éstas en la resolución de aquéllos;
3. Aprobar la creación, modificación o supresión de redes regionales de acuerdo con lo dispuesto en el reglamento respectivo;
4. Apoyar los procesos de planeación regional de la educación superior para lograr un mejor equilibrio en la oferta educativa y una cobertura suficiente con criterios de calidad, pertinencia social, equidad y complementariedad de esfuerzos, así como una mejor atención y cobertura en las funciones de investigación y difusión y extensión de la cultura;
5. Proponer al Consejo Nacional una o varias candidaturas fundamentadas para ocupar el cargo de Secretario General Ejecutivo;
6. Promover el mejoramiento de las funciones de docencia, investigación y difusión y extensión de la cultura, así como las de apoyo administrativo en las instituciones de la región, en atención a las características, condiciones y problemas regionales;
7. Fomentar el establecimiento de mecanismos eficientes orientados a impulsar el intercambio regional de personal docente, de investigación y de extensión, así como de información y servicios;
8. Promover en el ámbito regional, la ejecución de los acuerdos aprobados en el Consejo Nacional y en la Asamblea General;
9. Someter a consideración del Consejo Nacional los asuntos que deben ser conocidos o ratificados por otro órgano colegiado de la ANUIES;
10. Participar en los proyectos específicos y en la implantación de las estrategias que se acuerden en el Consejo Nacional y la Asamblea General;
11. Hacer llegar al Consejo Nacional, por conducto de su Presidente, el programa de trabajo anual, los informes anuales correspondientes a sus actividades, así como los planes y proyectos que elaboren para el desarrollo regional;
12. Establecer los mecanismos y criterios para la evaluación de los resultados derivados de su agenda de trabajo;
13. Proponer al Consejo Nacional la participación de instituciones no asociadas con carácter de observadoras en las sesiones de la Asamblea General y de los Consejos Especiales; y
14. Autorizar la participación de instituciones no asociadas con carácter de observadoras en las sesiones del propio Consejo Regional.

(Estatutos ANUIES, 25 de febrero de 2013: http://www.anuies.mx/media/docs/4_1_1_estatuto-anuies-2013.pdf)